Estas son las recomendaciones emitidas por el IMCO, para que el Tren Maya sea un proyecto rentable: 
  • Incluir a la población en mecanismos de consulta regulares desde la etapa de planeación del proyecto, con lo que el Gobierno podrá gestionar de mejor forma diversos riesgos sociales.
  • Asegurar que las líneas se construyan en tramos urbanos, densamente poblados y cortos.
  • Obtener la totalidad de los derechos de vía de los tres tramos antes de iniciar la obra.
  • Evaluar el costo de oportunidad de otros proyectos que puedan generar un mayor beneficio a la sociedad, un ejemplo de esto podría ser el Ferrocarril Transístmico.